Localizada no final do corredor central, a Nefrologia conta com mais de mil metros quadrados. Possui três amplas salas de Hemodiálise, uma sala de Diálise Peritonial, uma sala de treinamento para pacientes com tratamento domiciliar, sala de emergência, plantão médico, sala multidisciplinar para o atendimento dos doentes renais, nas áreas de Nutrição, Psicologia e Serviço Social, sala multimídia, consultórios médicos e de enfermagem e demais salas de utilidades.
A Nefrologia conta ainda com uma estação de tratamento de água por osmose reversa para a purificação de água em diálise, projetada e fabricada pela empresa pelotense Hidralita Tratamento e Infiltração, além da implementação do tratamento de Diálise Peritonial Automatizada intra-hospitalar. Este novo sistema consiste no tratamento por meios filtrantes altamente seletivos, dispostos em série, seguidos por membranas de osmose reversa, sendo esta a última instância das etapas de purificação.
A Beneficência atende atualmente cerca de 150 pacientes/mês, realizando mais de mil hemodiálises e atendendo cerca de 60 pacientes de diálises peritoneais/mês. Ainda, o serviço proporciona o tratamento hemodialítico com osmose reversa portátil em três leitos de forma simultânea, para pacientes em estado grave na Unidade de Tratamento Intensivo. A Nefrologia é credenciada pelo Sistema Único de Saúde (SUS), além de atender diversos planos de saúde e consultas particulares.
Atualmente a equipe especializada é formada por 5 médicos, 4 enfermeiros, 24 técnicos de enfermagem e 2 secretárias. Essa equipe e os investimentos em equipamentos e tecnologias contribuem para que o Hospital seja hoje uma referência em Nefrologia.
O Centro de Nefrologia do Hospital Beneficência Portuguesa funciona 24 horas, sete dias da semana.